В начальный период войны (1980-82 гг.) в отряде создавались сводные боевые отряды (СБО) на базе резервных подразделений отряда: взвода повышенной боеспособности (ВПБС), резервной пограничной заставы, нештатной десантно-штурмовой группы, резервной мото-маневренной группы. Первый СБО Керкинского отряда вошел в ДРА 16 апреля 1980 г. Утром личный состав СБО вылетел из Керков на АН-26 в Пяндж, оттуда во второй половине дня на вертолетах в Янги-Калу. Первым встреченным там офицером был п/п-к Опенышев - начштаба Керкинского отряда. Из Янги-Калы на БТР-ах перебрались в район кишлака Чахи-Аб (родина Инженера Башира). Там обустроили гарнизон, который функционировал до вывода войск.
ВПБС Керкинского погранотряда численностью около 20 человек одним из первых подразделений отряда приступил к выполнению боевых задач на сопредельной территории. Задачами ВПБС были контроль ситуации в зоне ответственности Керкинского отряда, подготовка маршрутов и баз для ввода штатных мото-маневренных групп. Поставленные задачи решались с помощью десантирования с вертолетов для проведения засад на путях вероятного выдвижения банд групп к советской границе и осуществления локальных операций в районе газопровода. Ст. лейтенант Кривонос Виктор - первый командир Керкинского ВПБС, который под его командой в 1980-81 гг. выполнял задачи в составе Пяджской ДШГ (командир полковник Файзиев). Еще одной задачей ВПБС была охрана вантового моста с газопроводом на Келифе.
В августе 1981 г. Керкинская резервная застава и ВПБС тянули систему и оборудовали огневые точки на Келифе.
1 октября 1981 г. для усиления охраны газопровода на Келифе силами ВПБС был основан СБО «Келиф».
С октября 1980 по март 1982 г. в зоне действия Керкинского погранотряда выполнял боевые задачи СБО «Серахс», сформированный на базе ВПБС Серахского погранотряда. СБО «Серахс» участвовал в боевых операциях в районах н.п. Баламургаб, Калайи-Нау, Шаршари, Андхой, Каркин, Ислампенджах, Келиф, Шортепа и др.
23 ноября 1981 г. на базе ВПБС была создана резервная мото-маневренная группа (Керкинская РММГ) численностью 160 человек (3 заставы, минометный взвод и хозяйственный взвод). Первым командиром РММГ стал майор Колено, начальником штаба майор Дука (позднее его сменил майор Лазаренко), замполитом капитан Кузнецов. На вооружении РММГ было 4 БМП, 8 БТР-60, по 4 миномета: 82-мм и 120-мм.
20 декабря 1981 г. для обеспечения ввода штатных мото-маневренных групп в пункты постоянной дислокации (ППД) в северные провинции Афганистана Керкинская РММГ выдвинулась в район г. Андхой (провинция Фарьяб). Первоначально гарнизон расположился в поле, но вскоре был передислоцирован в старую английскую крепость (бывший кожевенный завод). В Андхойской крепости пограничники обосновались более чем на 7 лет - вплоть до вывода Советских войск из Афганистана. Основав Андхойский гарнизон (отдельная усиленная застава), РММГ обеспечивала ввод к местам постоянной дислокации новых ММГ: «Прибалтийской» ММГ-2 в Шибирган и «Хабаровской» ММГ-1 в Меймене.
В начале января 1982 г. на сопредельную территорию были введены две штатные ММГ Керкинского погранотряда:
ММГ-1 в г. Меймене (центр провинции Фарьяб),
ММГ-2 в г. Шибирган (центр провинции Джаузджан - столица газовой промышленности ДРА).
В марте 1982 г. РММГ была передислоцирована в район Кайсара для обеспечения ввода ММГ Тахта-Базарского погранотряда. После ввода Тахта-базарской ММГ, РММГ ушла на боевую операцию в район Давлетабада. Спустя два месяца РММГ вернулась в Кайсар на постоянное место дислокации.
В конце 1983 г. Керкинскую РММГ с ППД в Кайсаре передали в оперативное подчинение Тахта-Базарского погранотряда.
12 сентября 1982 г. в Керкинском погранотряде была создана штатная десантно-штурмовая маневренная группа (Керкинская ДШМГ).
14 февраля 1983 г. в зону ответственности Керкинского погранотряда была введена ММГ-3, первоначально в Андхой, откуда после 2-х месячной «стажировки» передислоцирована в к. Мардиан (провинция Джаузджан). СБО «Келиф» был передан в оперативное подчинение ММГ-3 в качестве отдельной заставы "Келиф" для охраны переправы газопровода через Амударью.
С конца февраля по май 1985 г. в составе Андхойского гарнизона ММГ-2 боевую стажировку проходила Дальневосточная ММГ, убывшая затем на стык Ирано-Афгано-Советской границы.
В августе 1985 г. для охраны газопромысла и работающих на нем советских специалистов в ММГ-2 была сформирована 4-ая отдельная усиленная резервная застава (4-я УРПЗ) в к. Джангали-Колон.
С января 1986 по сентябрь 1988 гг. 1-я ПЗ ММГ-2 основала и несла службу в отдельном гарнизоне у к. Файзабад (провинция Фарьяб), созданном совместно с ММГ-1.
С конца 1986 до лета 1987 г. 2-я ПЗ ММГ-2 несла службу по охране газораспределительной станции в районе Ходжа-Гогирдаг (восточнее г. Шибирган). Летом 1987 г. в районе Ходжа-Гогирдаг 2-ю ПЗ ММГ-2 сменила 3-я ПЗ ММГ-3.
В сентябре 1988 г. совместный гарнизон ММГ-1 и ММГ-2 в к. Файзабад в сменила ММГ-5 из Забайкальского погранокруга. Одновременно из зоны ответственности Тахта-Базарского погранотряда из к. Карабаг в зону Керкинского погранотряда передислоцирована ММГ-3 "Карабаг", вставшая двумя гарнизонами в к. Атохан-Ходжа и к. Токали-Намуссо (провинция Фарьяб).
В течение всего периода Афганской компании на базе Керкинского погранотряда были сформированы или прошли боевые стажировки несколько мото-маневренных групп, прибывшие из других пограничных округов, а также несколько боевых групп спецназа КГБ СССР.
Построение и позывные застав и служб Керкинского погранотряда в 70-80-х гг.
47-й ПО - г. Керки
Штаб: 1 отд. (Служба), 2 отд. (Боев. п-ка), 3 отд. (Связь), 4 отд. (ОК), Политотдел, Разведотдел, Инж. служба, Автобронетанковая сл.,
Тыл - АТВ, ПФС, ОВС, ГСМ, Санчасть, Финчасть, Особый отдел.
РС – “Транзит”, КР – “Баркас”, АТР – “Гудок”, ОРТМ – “Гнездо”, ИСАПР – “Динамит”,
1 ПК - Ширам-Куи - “Профессия”
1 ПЗ - Ишмет-Пест - “Амур”
2 ПЗ - Холмистая - “Акация”
3 ПЗ - Ширам-Куи - “Бачок”
4 ПЗ - Гокча - “Бином”
5 ПЗ - Ярошевского - “Блок”
6 ПЗ - Курлугун - “Булат”
отрядное подчинение - "Землеройка"
7 ПЗ - Имам-Назар - “Бурав”
8 ПЗ - Кара-Тепе - “Ваза”
9 ПЗ - Аликадым - “Венец” (раньше была 9 ПЗ "Мирная" между Кара-Тепе и Аликадымом)
10 ПЗ - Боссага - “Газон”.
2 ПК Чаршанга - “Геркулесовый”
11 ПЗ - Мукры - “Диктор”
12 ПЗ - Аккум-Улам - “Жетон”
13 ПЗ - Чаршанга - “Вибратор”
14 ПЗ - Меагаджик - “Зарево”
15 ПЗ - Келиф - “Забой”
16 ПЗ - Джар-Гузар - “Залив” (до ликвидации "Мирной" - была 17 ПЗ)